BPTP Aceh merupakan Unit Kerja Teknis Departemen Pertanian yang berada di bawah Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian yang bertanggung jawab kepada Balai Besar Pengkajian dan Pengembangan Teknologi Pertanian.Untuk kelancaran pelaksanaan tugas – tugas yang diemban oleh BPTP Aceh telah ditetapkan struktur organisasi dan personalia BPTP Aceh sesuai dengan Surat Keputusan No.02/OT.130/I.12.1/01/18 tanggal 2 Januari 2013 berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian No.16/Permentan/OT.140/3/2006, sebagai gambaran tentang struktur organisasi dapat dilihat pada Gambar  dibawah ini :